. 西北美洲大盆地封閉流域湖泊的古氣候研究，1993-97，美國NSF，ATM-9303587;獎：225,655美元; PI：T.L.Ku。
. 青藏高原及鄰區晚更新世古氣候研究。 1997-99，US NSF EAR-9614585;獎：160,000美元; PI：T.L.Ku。
. 在過去一千年中美國西南部的高分辨率氣候變率。 1996-99，US NSF，ATM-9615875;獎項：$ 257,303; PI：T.-L. Ku，Co-PI：H.-C.李
. 在過去兩千年中中國東部的高分辨率氣候變率。 1999-2002，US NSF，ATM 98-18407;獎項：315,000美元; PI：T.-L. Ku，Co-PI：H.-C.李。
. 中國過去500年的溫度和夏季風變率的研究。 2000-2003，美國NSF，ATM-0081224;獎：421,800美元; PI：H.-C. Li，Co-PI：T.-L. Ku。
. 一項研究，測試如何熱帶太平洋和額外熱帶氣候在千年時間尺度通過全新世鏈接。 2003-2005，US NSF，OCE-0317621;獎：$ 600,000。 PI：L.D.Stott，Co-PI：H.-C.李
. Sr同位素和Sr / Ca變異在中國華中地區：新代謝變異性。 2004-2006，US NSF，ATM-0402254;獎：$ 291,712。 PI：H.-C. Li，Co-PI：T.-L. Ku
. 測試假設：夏季季風降水減少的複發性世紀長度事件與熱帶太平洋的海洋/大氣動力學有關。 2005-2007，US NSF，ATM-0502615;獎：$ 448,589; PI：L.D. Stott
. 中國國家自然科學基金面上項目：全新世中期以來貴州生態環境及石漠化演變格局—石筍記錄。2006-2009，NSFC40672202; Award: ¥390,000 RMB; PI: H.-C. Li
. 重慶市科委院士專項：重慶東北部九盤河流域碳氮及微量元素循環機制與環境演變格局。2006-2009，CSTC-2006BC7002; Award: ¥300,000 RMB; PI：Dao-Xian Yuan, H.-C. Li
. 國科會延攬人才計畫：末次冰期以來亞熱帶季風的變化規律: 美國西部的湖泊研究。 2004-2007, NSC093-2811-M-006-009; Award: NT$1,192,600; NSC093-2811-M-006-012; Award: NT$1,438,000; NSC093-2811-M-006-001; Award: NT$1,692,000; PI: H.-C. Li
. 國科會計畫：台灣與菲律賓的地體動力學研究--Taal 湖以及周邊地區地球化學系統研究：重建菲律賓中部全新世以來古氣候和火山噴發歷史。 2007-2008, NSC95WFA0901514; Award: NT$5,951,000. PI: H.-C. Li
. 國科會計畫：台灣與菲律賓的地體動力學研究--Taal 湖以及周邊地區地球化學系統研究：重建菲律賓中部全新世以來古氣候和火山噴發歷史(2/3)) 。 2008-2009, NSC97-2628-M-006-014; Award: NT$4,035,000. PI: H.-C. Li
. 國科會計畫：台灣與菲律賓的地體動力學研究--Taal 湖以及周邊地區地球化學系統研究：重建菲律賓中部全新世以來古氣候和火山噴發歷史(3/3)) 。 2009-2010, NSC 98-2116-M-006 -003; Award: NT$3,389,000. PI: H.-C. Li
. 國科會能源國家型科技計畫：臺灣近海二氧化碳的捕獲、轉化、封存及再利用之研究：生物幫浦。2009/11/01-2010/12/31, NSC 98-3114-E-006-014-；Award: NT$ 8,425,000. 整合計畫總主持人PI: H.-C. Li
. 國科會計畫：台灣與菲律賓地體動力學研究-II－重建記錄在一個65米長岩芯中的塔奧火山湖沉積歷史及火山活動事件(I))。2010/08/01-2011/07/31, NSC 99-2116-M-006 -014; Award: NT$ 2,697,000. PI: H.-C. Li
. 成功大學邁向頂尖計畫：“東亞季風區颱風與海浪危害預警和先報模式研究”。2007-2010，每年約NT$1,600,000. 子計畫主持人
. 農委會水保局計畫：「石門水庫集水區細粒土砂來源、運移及淤積特性研究」。2009.12~2010.12，NT$1,100,000. 子計畫主持人
. 國科會能源國家型科技計畫：臺灣近海二氧化碳的捕獲、轉化、封存及再利用之研究：生物幫浦(1/2 and 2/2)。2011/01/01-2012/12/31, NSC 100-3113-E-002 -009；Award: NT$ 8,426,000 (2011) and 5,590,000 (2012). 整合計畫總主持人PI: H.-C. Li
. 國科會計畫：台灣與菲律賓地體動力學研究-II－重建記錄在一個65米長岩芯中的塔奧火山湖沉積歷史及火山活動事件(II))。2011/08/01-2012/07/31, NSC 100-2116-M-002-007; Award: NT$ 1,747,000. PI: H.-C. Li
. 環保署計畫：土壤及地下水污染研究與技術提昇補(捐)助計畫--多種同位素與地球化學分析技術(MEIGA)判釋地下水污染之來源：以頭份工業區含氯碳氫化合物污染為例。2011/11/26-2012/11/25; EPA-100-B11142, Award: NT$1,500,000. PI: H.-C. Li
. 國科會計畫：台灣與菲律賓地體動力學研究-II－重建記錄在一個65米長岩芯中的塔奧火山湖沉積歷史及火山活動事件(III))。2012/08/01-2013/07/31, NSC 101-2116-M-002 -007; Award: NT$ 1,620,000. PI: H.-C. Li
. 環保署計畫：土壤及地下水污染研究與技術提昇補助計畫--以多種同位素與地球化學分析技術(MEIGA) 研究中壢工業區地下水污染。2012/12/10-2013/12/09; EPA-102-, Award: NT$1,600,000. PI: H.-C. Li