國科會計畫：台灣與菲律賓的地體動力學研究--Taal 湖以及周邊地區地球化學系統研究：重建菲律賓中部全新世以來古氣候和火山噴發歷史。 2007-2008, NSC95WFA0901514; Award: NT$5,951,000. PI: H.-C. Li

國科會計畫：台灣與菲律賓的地體動力學研究--Taal 湖以及周邊地區地球化學系統研究：重建菲律賓中部全新世以來古氣候和火山噴發歷史(2/3)) 。 2008-2009, NSC97-2628-M-006-014; Award: NT$4,035,000. PI: H.-C. Li

國科會計畫：台灣與菲律賓的地體動力學研究--Taal 湖以及周邊地區地球化學系統研究：重建菲律賓中部全新世以來古氣候和火山噴發歷史(3/3)) 。 2009-2010, NSC 98-2116-M-006 -003; Award: NT$3,389,000. PI: H.-C. Li

國科會能源國家型科技計畫：臺灣近海二氧化碳的捕獲、轉化、封存及再利用之研究：生物幫浦。2009/11/01-2010/12/31, NSC 98-3114-E-006-014-；Award: NT$ 8,425,000. 整合計畫總主持人PI: H.-C. Li

國科會計畫：台灣與菲律賓地體動力學研究-II－重建記錄在一個65米長岩芯中的塔奧火山湖沉積歷史及火山活動事件(I)。2010/08/01-2011/07/31, NSC 99-2116-M-006 -014; Award: NT$ 2,697,000. PI: H.-C. Li

成功大學邁向頂尖計畫：“東亞季風區颱風與海浪危害預警和先報模式研究”。2007-2010，每年約NT$1,600,000. 子計畫主持人

農委會水保局計畫：「石門水庫集水區細粒土砂來源、運移及淤積特性研究」。2009.12~2010.12，NT$1,100,000. 子計畫主持人

國科會能源國家型科技計畫：臺灣近海二氧化碳的捕獲、轉化、封存及再利用之研究：生物幫浦(1/2 and 2/2)。2011/01/01-2012/12/31, NSC 100-3113-E-002 -009；Award: NT$ 8,426,000 (2011) and 5,590,000 (2012). 整合計畫總主持人PI: H.-C. Li

國科會計畫：台灣與菲律賓地體動力學研究-II－重建記錄在一個65米長岩芯中的塔奧火山湖沉積歷史及火山活動事件(II)。2011/08/01-2012/07/31, NSC 100-2116-M-002-007; Award: NT$ 1,747,000. PI: H.-C. Li

環保署計畫：土壤及地下水污染研究與技術提昇補(捐)助計畫--多種同位素與地球化學分析技術(MEIGA)判釋地下水污染之來源：以頭份工業區含氯碳氫化合物污染為例。2011/11/26-2012/11/25; EPA-100-B11142, Award: NT$1,500,000. PI: H.-C. Li

國科會計畫：台灣與菲律賓地體動力學研究-II－重建記錄在一個65米長岩芯中的塔奧火山湖沉積歷史及火山活動事件(III)。2012/08/01-2013/07/31, NSC 101-2116-M-002 -007; Award: NT$ 1,620,000. PI: H.-C. Li

環保署計畫：土壤及地下水污染研究與技術提昇補助計畫--以多種同位素與地球化學分析技術(MEIGA) 研究中壢工業區地下水污染。2012/12/10-2013/12/09; EPA-102-, Award: NT$1,600,000. PI: H.-C. Li

國科會計畫：以石筍記錄重建兩千年來東亞季風的變化以及人類活動對生態的影響：1. 貴州夜郎洞記錄。2013/08/01-2014/07/31, NSC 102-2116-M-002 -004; Award: NT$ 3,736,000. PI: H.-C. Li

科技部計畫：以石筍記錄重建兩千年來東亞季風的變化以及人類活動對生態的影響：1. 貴州夜郎洞記錄(2/2)。2014/08/01-2015/07/31, MOST 103-2116-M-002 -001; Award: NT$ 2,487,000. PI: H.-C. Li

科技部計畫：以石筍記錄重建兩千年來東亞季風的變化以及人類活動對生態的影響：2.廣西南寧伊嶺巖和金倫洞石筍記錄（1/2)。2015/08/01-2016/07/31, MOST 104-2116-M-002-017; Award: NT$ 3,486,000. PI: H.-C. Li